Webapplikationen können zwar weniger gut auf die Hardware des genutzten Geräts abgestimmt werden, funktionieren dafür aber auf allen Betriebssystemen und Geräten, die über einen von der Web-App unterstützten Webbrowser verfügen (in der Regel sind dies alle aktuellen Browser). Es reicht also im Idealfall eine einzige App, um alle Plattformen abzudecken. Allerdings ist es nicht immer möglich, die Anwendung für alle Browser zu optimieren.
Einen weiterer Pluspunkt liegt in der Schließung von Sicherheitslücken: Bei Native Apps sind diese nur über den Download einer neuen Version bzw. eines Updates zu beheben. Ein Security-Update einer Webanwendung wird hingegen direkt in die Software implementiert, sodass alle User automatisch auf die sicherste Version zugreifen. Darüber hinaus sind Web-Apps oftmals günstiger und schneller in der Produktion.
Dennoch lässt sich nicht pauschal sagen, welches App-Format das bessere ist. Dies hängt immer von den jeweiligen Ansprüchen und Zielen der App-Entwickler ab. Die nachstehende Tabelle fasst die Eigenschaften von Web-Apps und Native Apps zusammen: