Um Daten vom lokalen Rechner zum Server zu übertragen, wählen Sie die gewünschte Datei oder ein Verzeichnis im lokalen Verzeichnisbaum aus und ziehen das Element per Drag & Drop in das Zielverzeichnis auf dem Server. Sobald Sie den Zielort bestimmt haben, erscheint das Element in der Transferwarteschlange. Um Dateien oder Verzeichnisse vom Server auf den lokalen Rechner zu übertragen, gehen sie nach dem gleichen Muster vor.
Neben der Bedienung per Drag & Drop steht Ihnen für den Up- oder Download via Rechtsklick auch ein Kontextmenü zur Verfügung. Dieses ermöglicht es Ihnen zudem, neue Dateien und Verzeichnisse auf dem Server zu erstellen oder Elemente zu löschen.
Sollte eine Ihrer Aktionen dazu führen, dass beim Up- und Download eine Datei überschrieben wird, öffnet FileZilla automatisch ein Dialogfenster, in dem Sie auswählen, ob sie die Datei tatsächlich überschreiben wollen oder ob die zu übertragende Datei übersprungen oder umbenannt werden soll.