Neben den entsprechenden Kategorienlinien lassen sich nun die konkreten Problemursachen eintragen. Es bietet sich an, das Ishikawa-Diagramm im Team auszufüllen. Insbesondere mit jenen Mitarbeitern zusammen, die direkt in den problembehafteten Prozess involviert sind. Dennoch sollte die Gruppe gemischt bleiben: Denn nur wenn unterschiedliche Fachbereiche beteiligt sind, können auch ungewöhnliche Ideen aufkommen. Um die Ursachen zu finden, ist Brainstorming gefragt. Gemeinsam versucht man, möglichst alle potenziellen Ursachen zu benennen.
Unter dem Punkt ‚Material‘ kann man beispielsweise Anmerkungen zur Art der Kundenanfrage notieren. Auch ‚Fachfremdheit der Kunden‘ gehört an diese Stelle – ebenso wie auch Unfreundlichkeit der Kunden‘.
Im Verlauf der Problemanalyse lassen sich diese Unterpunkte noch weiter untergliedern. In solchen Detaileintragungen lassen sich dann wiederum Ursachen für die darüber liegenden Probleme festhalten. Die Unfreundlichkeit der Kunden könnte so beispielsweise mit einer zu langen Wartezeit in der Hotline erklärt werden.
Um die tatsächliche Ursache eines Problems zu finden, wendet man die sogenannten 5W-Methode an: Bei dieser Methode fragt man fünfmal „Warum?“ und kommt so dem eigentlichen Missstand auf die Spur.
Damit man das Problem auch tatsächlich lösen kann, darf man die Suche nach Ursachen nicht überstürzen, sondern muss ihr ausreichend Zeit widmen. Denn übersieht man eine Quelle des Missstandes, kann das komplette Projekt gefährdet sein. Wer die Ursachenforschung zu schnell abhandelt, der riskiert, dass er nur einige Teilursachen aufdeckt, aber wesentliche Problemursachen übersieht.