Der letztgenannte Vorteil ist allerdings auch einer der gravierendsten Nachteile des Gesamtkostenverfahrens. Um den exakten Bestand der fertigen und unfertigen Erzeugnisse anzugeben, sind immer wieder umfassende Inventuren nötig. Die meisten Unternehmen mit der üblichen Personalauslastung können diese aber nur einmal jährlich zum Bilanzstichtag realisieren. Man arbeitet deshalb bei Berechnungen im Laufe des Geschäftsjahres bei diesen Posten mit Schätz- oder Annäherungswerte, was das Ergebnis mehr oder weniger stark verfälscht. Die wirtschaftliche Aussagekraft der GuV wird dadurch geschwächt.
Ein weiterer Nachteil besteht darin, dass die Bestands- und Umsatzzahlen für alle Produktgruppen zusammengefasst und jeweils als ein Posten angegeben werden. So erfasst man nur den allgemeinen unternehmerischen Erfolg oder Misserfolg, was keine Rückschlüsse zur Rentabilität einzelner Produkte oder Produktlinien ermöglicht. Das ist besonders für Großunternehmen mit einer Vielzahl verschiedener Produkte problematisch. Um deren Erfolg im Detail einzeln beurteilen zu können, müssen weitere betriebswirtschaftliche Verfahren und Berechnungen angewendet werden. Die GuV, die eigentlich eine fundierte Basis für die Unternehmensplanung bieten soll, hat in diesen Fällen ihr Ziel verfehlt.
Für kleine und mittelständische Betriebe mit einem überschaubaren Produktangebot ist das Gesamtkostenverfahren dennoch geeignet, weil für sie der Vorteil der vergleichsweise einfachen Handhabung und Berechnung überwiegt.