Keine Unterstützung bei Priorisierung: In Getting Things Done spielen Prioritäten eine untergeordnete Rolle. Das System sorgt in erster Linie dafür, dass nichts vergessen wird und dass freie Zeit effizient genutzt wird. Wer hingegen sichergehen will, dass er die richtigen Prioritäten setzt, muss zusätzlich andere Techniken nutzen – zum Beispiel die Eisenhower-Matrix.
Keine Wochen- oder Tagesorganisation: Getting Things Done bietet auch keine optimierten Wochen- oder Tagesplanungen. Wer Schwierigkeiten hat, Ziele zu definieren, nächste Schritte festzulegen und seinen Tagesablauf effektiv zu gestalten, dem hilft die GTD-Methodik kaum weiter. Für die Tagesplanung ist beispielsweise die ALPEN-Methode besser geeignet.
Komplexe Systematik: Getting Things Done lässt sich nicht in fünf Minuten durchdringen und nicht in einem Nachmittag umsetzen. Wer das System aber gewinnbringend anwenden möchte, muss es bis in die Einzelheiten verstanden haben und konsequent anwenden. Ganz oder gar nicht. Wenn man zum Beispiel die Wochenrückblicke auslässt oder sich nicht mit der Splittung der Aufgabenlisten in Kontextlisten befasst, beschneidet man seinen eigenen Erfolg.
(Zu) viele Gewohnheitsänderungen: Wer sich auf die GTD-Methode einlässt, steht vor der Herausforderung, zahlreiche Gewohnheiten in kurzer Zeit verändern zu müssen. Das regelmäßige Leeren der Eingangskörbe ist Pflicht, das Durchsehen der Projekt- und Warten-auf-Listen muss eingeplant werden und auch das Führen von Kontextlisten muss man erst einmal trainieren.
Hier liegt der Hauptkritikpunkt an Getting Things Done: Mit diesen zahlreichen Umstellungen würde der Nutzer überfordert. Wer sich schwer tut, neue Gewohnheiten zu etablieren, sollte sich möglicherweise nach einer anderen Organisationstechnik umsehen, die besser zu seiner Persönlichkeit passt.